মস্তিষ্কে রক্তক্ষরণের কারণে তিনি মৃত্যুবরণ করেন বলে জানা গেছে। মৃত্যুকালে তিনি স্ত্রী ও এক কন্যা রেখে গেছেন।

অধ্যাপক আরেফিন সিদ্দিকের ছোট ভাই সাইফুল্লাহ সিদ্দিক তুহিন  গত রাতে এই মৃত্যুর তথ্য নিশ্চিত করে জানিয়েছেন, রাত ১০টা ৪৫ মিনিটে চিকিৎসকরা তাঁকে মৃত ঘোষণা করেন।

আজ শুক্রবার বাদ জুমা অধ্যাপক আরেফিন সিদ্দিকের নামাজে জানাজার পর   তাঁকে আজিমপুর কবরস্থানে বাবা-মায়ের কবরের পাশে   দাফন করা হয়েছে।

উল্লেখ্য অধ্যাপক ড. আ আ ম স আরেফিন সিদ্দিক ২০০৯ সালে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের ২৭তম উপাচার্য হিসেবে নিয়োগ পান। ২০১৭ সাল পর্যন্ত টানা এ দায়িত্ব পালন করেন। উপাচার্যের দায়িত্ব পালন শেষে তিনি নিজ বিভাগে যোগ দেন। ২০২০ সালের জুনে শিক্ষকতা থেকে অবসর  গ্রহন করেন।

অধ্যাপক আরেফিন সিদ্দিক শিক্ষক মহলেও অত্যন্ত জনপ্রিয় ছিলেন। তিনি নব্বইয়ের দশকে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয় শিক্ষক সমিতির একাধিকবার সাধারণ সম্পাদক ও সভাপতি নির্বাচিত হয়ে ছিলেন।